La Empresa de Generación Eléctrica San Gabán S.A. fue creada con Acuerdo de COPRI de fecha 07 de noviembre de 1994, a través del cual autoriza a ELECTROPERU S.A., a su constitución mediante un aporte de capital de S|. 20 millones. Mediante Escritura Pública de fecha 06 de diciembre de 1994, el Presidente del Directorio de ELECTROPERU, Ing. Oscar Gómez Izaguirre y el Gerente General, Ing. Alfredo Montesinos, formalizaron su constitución, con el aporte del capital antes mencionado, que representa 20 millones de acciones de Un Nuevo Sol cada una, íntegramente suscritas y pagadas, aporte a ser destinado a la ejecución de las Obras Preliminares del Proyecto Central Hidroeléctrica San Gabán II, así como para que la empresa se dedique en general a las actividades propias de la generación eléctrica dentro de su área de concesión de acuerdo a la legislación vigente. En enero de 1995 se incorpora como nuevo accionista la Región Moquegua-Tacna-Puno con un aporte de capital de S|.14 079 998, incrementándose el capital social de la Empresa a S|.34 079 998, dividido en el mismo número de acciones de un valor nominal de S|.1,00 cada una, íntegramente suscritas y pagadas. Este monto representa el valor histórico de los estudios definitivos del proyecto de la Central Hidroeléctrica San Gabán II, pagados por la Región Moquegua Tacna-Puno a la firma CESEL S.A.A partir del mes de febrero se da inicio a sus actividades administrativas, mientras que los contratos de las obras preliminares respectivas se iniciaron a partir del mes de marzo de 1995.
Las actividades desarrolladas por la Empresa durante 1995 estuvieron orientadas a consolidar la base legal para la administración y ejecución de las obras del proyecto de la Central Hidroeléctrica San Gabán II, así como para su financiamiento integral, siendo así que se negoció y participó en la suscripción del Convenio de Préstamo entre la República del Perú y el Japan Bank Interational for Cooperation de Japón, por un monto de Quince mil Quinientos millones de Yenes. Asimismo, se obtuvo la aprobación dentro del presupuesto de la República de un total de S/. 41 millones destinados a la contrapartida local. No obstante, fue recién en noviembre de 1995 que se logró, mediante el Decreto de Urgencia N° 058-95, se autorice a la Empresa de Generación Eléctrica San Gabán S.A. a asumir la administración y ejecución del proyecto. Durante el mismo año se iniciaron y se ejecutaron importantes avances en las obras preliminares del proyecto, cuyo costo durante 1995 y el primer trimestre de 1996 fue íntegramente pagado con los recursos del aporte de capital de ELECTROPERU en San Gabán. Con ello, la administración vigente al 20 de Mayo de 1996, recepcionó satisfactoriamente la obra Mejoramiento de la Carretera Tabinapampa-Tunquini, de 13 kms. de longitud y logró completar el 100% en la construcción de la Villa de Residentes y Sede Administrativa, dándole la recepción de obra respectiva. A continuación se detalla un breve resumen, año por año, de las actividades relacionadas con la construcción de la Central Hidroeléctrica San Gabán II y su puesta en operación.
Durante 1997 se culminaron las correspondientes liquidaciones de contrato de todas las obras preliminares y se avanzó en la liquidación de los contratos de supervisión respectivos, ejecutados por la firma Alpha Consult S.A., a fin de poder realizarlas liquidaciones de obra. El 23 de enero 1997 se firmo el contrato con la Asociación Accidental CEGELEC S.A. (Lote 4) por el Suministro, transporte, montaje, pruebas, puesta en servicio, operación experimental del Equipamiento Electromecánico, Mecánico e Hidromecánico de la central. A fines de 1997 se había logrado un avance del 8% en la ejecución de este contrato. Entre agosto y diciembre del mismo año se suscribieron 8 de los 9 contratos para el suministro de los elementos necesarios para el montaje de la línea de Transmisión Sub Estación San Gabán - Sub Estación Azángaro, de 160 Kms de longitud (Lote 5A.) y en diciembre se suscribió el contrato por las obras civiles y montaje de la misma línea (Lote 5B). Al finalizar el año 1997 las obras en su conjunto mostraron un avance 32%.
A lo largo de 1998 se logró un avance acumulado promedio de las obras del orden de 78,5%, destacándose la culminación de las Obras de Cabecera y el mantenimiento de la carretera Macusani -Tunquini, habiéndose asfaltado 14 Kms. desde Tabinapampa hasta Tunquini. Los otros tramos de obras mostraron un avance sostenido en este habiéndose culminado el Lote 2, Lote 3 y Lote 5 (A y B) en 1999.
En 1999, se culminaron la totalidad de las obras civiles y el montaje de la Línea de Transmisión, presentándose un avance promedio del Lote 4 de 96%. No obstante presentarse demoras para la conclusión del contrato del Lote 4, se dio inicio a las pruebas del Grupo N° 2 y operación experimental del mismo en el mes de noviembre de 1999, y pruebas del Grupo N° 1 en diciembre de dicho año, en el cual se logró generar con ambos grupos y obtener un ingreso extraordinario correspondiente a 4,6 GWh en operación comercial.Por otro lado, en 1999 se dio inicio a las obras de afianzamiento hídrico de la Central Hidroeléctrica, mediante la construcción de un sistema de Embalses de 05 lagunas afluentes del río San Gabán, 4 en Macusani y 1 en Corani, el cual fue concluido en el año 2000.El 9|09|1999 se aprobó la Ley 27170 del Fondo Nacional de Financiamiento de la Actividad Empresarial del Estado - FONAFE, modificada mediante Ley 27247. Esta norma establece en el artículo 3° que FONAFE ejerce la titularidad de las acciones representativas del capital social de todas las empresas en las que participa el Estado y administra los recursos derivados de dicha titularidad. En tal sentido y en atención de la Disposición Complementaria y Transitoria de esta Ley, se dispuso la transferencia de la titularidad del 100% de las acciones de San Gabán S.A. al FONAFE.
En el año 2000 se dio inicio a las actividades de generación de energía eléctrica con la Central Hidroeléctrica San Gabán II, aun cuando los equipos se encontraban en proceso de pruebas y operación experimental. Para ello, se diseñó su estructura organizativa, en función al grado de tecnificación con que se cuenta, incorporándose al personal de la Gerencia de Producción de manera gradual a lo largo del año, cubriendo las plazas previstas en función a la necesidad que surgiera, por culminación de obligaciones por parte del contratista que ejecutaba el montaje , pruebas y operación experimental de la Central. Como consecuencia de un proceso de escisión las Centrales Térmicas de Bellavista y Taparachi pasaron a los activos de San Gabán S.A.
En Sesión de Junta General de Accionistas N° 29|2003 del 23 de Mayo de 2005 se adoptó el Acuerdo N° 1-29|2003 por el cual se acordó la creación de Acciones Clase "A" que representan el 90% del capital social, y Acciones Clase "B" por el 10% del capital social, manteniéndose la Titularidad de ambos clases de acciones a nombre del Fondo Nacional de Financiamiento de la Actividad Empresarial del Estado - FONAFE.
El 13 de Enero de 2004, San Gabán S.A. recibió el Certificado N° OPS-006|2003 correspondiente a la inscripción de Acciones Comunes, Clase "B", representativas del capital social de la empresa, las cuales se encuentran inscritas en la Sección Valores Mobiliarios y Programas de Emisión del Registro Público del Mercado de Valores de CONASEV, a partir del 19 de diciembre de 2003.
En abril del 2011, se prepagó de la deuda al JFC, por 3 695 MM de yenes que incluye la cuota de abril 2011 y la comisión por pago anticipado; los recursos para la ejecución del prepago han sido obtenidos mediante un contrato de mutuo celebrado con del Fondo Nacional de Financiamiento de la Actividad Empresarial del Estado – FONAFE, por el monto de S|. 140,8 MM.
Se realizó la construcción del nuevo patio de llaves, mediante un contrato con la empresa ABB, ejecutado en 11 meses. Con la finalidad de garantizar la seguridad y confiabilidad de la operación de la Central Hidroeléctrica San Gabán II, también se realizaron trabajos importantes de mantenimiento, tales como: La reparación de bobinas de los generadores y la actualización tecnológica de los reguladores develocidad de los grupos 1 y 2, mediante contratos con ALSTOM; la reparación del rodete del grupo 1 mediante un convenio con EGEMSA.